Przez centrum Ponidzia przepływa rzeka Nida o długości 151,2 km. Powstaje ona z połączenia Czarnej Nidy z Białą Nidą i uchodzi do Wisły. Jej dolina ma charakter przełomowy i jest wycięta w wapiennym podłożu. Na terenie płaskiego dna obniżenia tektonicznego rzeka ma tendencję do przerzucania i dzielenia koryta, tworząc deltę śródlądową: dzieli swój bieg na kilka ramion, które łączą się ponownie przy przełomie przez Garb Pińczowski. Do lat 80. XX w. teren ten był pokryty naturalnymi bagnami, które obecnie zostały zmeliorowane w zachodniej i południowej części. Cała dolina jest pocięta kanałami i rowami melioracyjnymi, liczne są też naturalne jeziorka. Inną rzeką Niecki Nidziańskiej jest przepływająca przez Wyżynę Miechowską i Płaskowyż Proszowieki Dłubnia (49,2 km), która również uchodzi do Wisły.